ישנן שתי סיבות עיקריות להופעת נזלת שקופה. הראשונה היא כתוצאה מאלרגיה שבאה לידי ביטוי ברירית האף והשנייה היא התפתחות ראשונית של חולשה בדרכי הנשימה העליונות האופיינית בתחילת התקררות. הנזלת השקופה מהווה מטרד בעיקר משום שהיא מקשה על הנשימה ודורשת קינוח תדיר מאוד של האף.